Basicamente, a EMDR ajuda o cérebro a “digerir” as memórias perturbadoras através de estímulos bilaterais que podem ser visuais, táteis ou auditivos como por exemplo, observar uma barra onde um ponto de luz se move ou os dedos do terapeuta movendo de um lado para outro,  ouvir sons bilaterais com fones de ouvidos ou receber toques alternados nas mãos ou joelhos. Estes estímulos promovem uma comunicação entre os hemisférios cerebrais direito e esquerdo.

É o mesmo que ocorre quando sonhamos. No sono REM, estágio do sono em que ocorrem os sonhos, os olhos se movem de um lado para o outro. É durante o sonho que o  cérebro processa os acontecimentos e às emoções do dia, levando a compreensão e registro de informações. Porém quando eventos perturbadores são associados a emoções muito intensas, o cérebro pode nem sempre conseguir processar de modo efetivo e as imagens do evento, associadas às emoções, pensamentos e sensações corporais ficam congeladas em redes de memórias no hemisfério direito do cérebro.

Na terapia EMDR, o terapeuta aplica os estímulos bilaterais, conduz o cliente ajudando-o a lembrar de uma experiência traumática, guiando-o para que seu cérebro reprocesse o trauma e o deixe no passado.